En 1821 Mohammed Ali Pacha a pris le contrôle du Soudan, dès lors le payss’est soumis à la domination coloniale turco-égyptienne(1885-1821). Le Soudan est gouverné au cours de cette période par un dirigeant nommé ’’gouverneur général du Soudan’’, La capitale a été déplacéede la capitale de l'Etat de Fung ’’Sennar’’àla ville de Wad Madani. Khartoum est devenucapitale sous le règne du gouverneur Osman BeikJarkasse qui a décidé de déplacer la capitale à Khartoum, les bureaux du gouvernement àWad-Madani ont été déplacésprogressivement à Khartoum, En 1830 Khartoum est devenue officiellement la capitale de l'administration coloniale.

Palais du gouverneur (Hikimdarya):

En 1825 le gouverneur MahouBeikOrfali a lancé l’idée de construire un local à la fois administratif et résidentiel, c’était en argile, sous forme d'un rectangle, c’était’’ Saray / palais al-Hikimdariyah’’, située sur la rive sud du Nil Bleu, à moins d'un kilomètre du confluant du Nil blanc et bleu.Sous le règne du gouverneur Khurshid Pacha (1826-1838) particulièrementen 1834 quelques modifications et améliorations ont été apportées au bâtiment du palais, Il a également construitun bâtiment pour la préfecture où il transféré tous les bureaux administratifs de l'Etat, Le palais Al-Hikimdariya est resté le siège du gouverneur et la résidencede sa famille.

                C’est le gouverneur Abdellatif Pacha Abdullah (1849 - 1851) qui a démoli le bâtiment de l’argile (Palais Al-Hikimdarya) l’a reconstruit en 1851 avec des briques apportées des ruines de l'ancienne ville de Sobaceux des anciens bâtiments d'Abu Harazville située sur la rive orientale du Nil Bleu, Le nouveau Al Sarayahse compose de deux étages, il a été revêtude l'extérieur de pierres, Il a un salonpour les visiteurs et un pavillon réservé aux femmes, il était entouré de jardins avec différents types d'arbres: surtout des palmiers et des raisins, ce palais est resté le siège du gouvernement jusqu'à la révolution de Mahdia.

Le 26 janvier 1885le dirigeant soudanais Mohamed Ahmed AL Mahdi (1885 - 1898), a vaincu le gouvernement turc de l'Egypte et a tué son dernier gouverneur  Charles Gordon sur les marches de l'escalier de son palais, Al Mahadi a mis sur place  un gouvernement national, a démoli le Palais Al-Hikimdarya, la ville de Khartoum a été abandonnée, la ville d’Omdurman situantsur la rive ouest du Nil est érigée en capitale de l’État mahdiste, le siège de la gouvernance de l'État mahdiste était (la Maison de Khalife) jusqu'à l’invasion anglo-égyptienne

Palais du gouverneur general:

Pendant la période anglo-égyptienne (1898-31 décembre 1955) Khartoum a été reconstruit de nouveau pour être la capitale du Soudan, Herbert Kitchener Pacha, le premier gouverneur général du Soudan a reconstruit le palais (pour la troisième fois en 1899), il l'a construit sur les bases en pierres du palais démoli par les mahdistes. En 1900 la grande partie du nouveau palais a été accomplie. Le deuxième gouverneur le Sir Reginald Wingate s'est installé dedans, le plan général du palais, les annexes ont été complétéesen 1906. La construction a été faite pardes briques rouges, mais les coins ont été construits par le grès. Le palais se composait: d'un rez-de-chaussée, deux étages, trois pavillons: un pavillon principal qui donne sur le Nil Bleu dontailes s'étendent vers les cotés Est et Ouest, deux autres ailes ont été également construites sur les cotés droite et gauche s’étendant vers le pavillon principal duSud. L’ensemble de la construction représente un mi-carré. Un autre bâtiment pour le secrétariat administratif et financierà été construit à l’Ouest du palais (c’est actuellement le Ministère des Finances) le Palais du Gouverneur Général restedonc comme siège et résidence pour le gouverneur général du Soudan pendant tout le période de la colonisation anglo-égyptienne, il faut noter que à ce moment là, l’ensemble de la surface du palais atteint (74.000) mètres carrés.

Le Palais républicain:

Le premier janvier 1956, le Soudan obtint son indépendance de la Grande-Bretagne et de l'Égypte, le drapeau soudanais a été remplacé par ceux de la Grande-Bretagne et de l'Égypte. L’ex-palais est dénommé ’’le palais républicain’’ il représente actuellement la souveraineté nationale, demeurantle siège officiel duchef de l’Etatsoudanais, on y trouve les bureaux des membres du Conseil Suprême de l’Etat ainsi que administrations de la présidence. Le siège du Premier Ministre était dans un autre endroit (l’actuel Ministère de la Jeunesse et des Sports). Après avoir aboli le système du Conseil Présidentiel (Conseil Suprême, ’’pentagone’’), le palais  a été alloué comme siège principal pour les différents gouvernements nationaux qui se sont succédé, notamment le président de la République, ses adjoints, ses assistants et ses conseillers. Le deuxième étage était (jusqu'en 1974) réservé aux hôtes officiaux et aux invités du pays tels que les rois et les chefs des Etats.D’autreslocaux àl'extérieur du palais ont également été utilisés comme hostelleries pour les visiteurs officiaux de l’Etat. L'ancien président le général Ibrahim Abboudétait le seul président ayant résidé à l'intérieur du palais républicain, l'on lui avait construit en 1960 une résidence dans la partie sud-ouest du palais républicain.

En 1971, des nouveaux espaces ont été ajoutés à l'ensemble du palais républicain notamment au côté sud: bâtiments administratifs supplémentaires, locaux pour la garde républicaine ainsi que des garages et des parkings.D’autressurfaces ont été additionnés plus tard sur le côté Est du palais, La superficie totale du complexe du palais républicain atteint actuellement 150 mille mètres carrés

Le nouveau palais présidentiel:

L’idée de construire un nouveau palais présidentiel était ancienne. Il était nécessaire en fait d’avoir un palais présidentiel qui répond aux besoins, au développement technique et aux activités présidentielles qui ne cessent pas de se développer. En 2007, lors de la visite du président chinois Hu Jintao au Soudan, il a été convenu de construire un nouveau palais présidentiel. Le contrat d'exécution a été signé le 25 novembre 2010. Les travaux ont débuté en mars 2011. Le nouveau bâtiment a été officiellement inauguré par son excellence le maréchal Omar Hassan Ahmed Bachir, président de la république la nuit du 26 janvier 2015, le drapeau a été levé donc sur la tour du nouveau palais présidentiel marquant le déplacement de la direction de la présidence vers le nouveau palais présidentiel.